Бахчисарайский историко-культурный и археологический музей-заповедник является преемником Национального музея крымских татар, который официально был провозглашен в 1917 г. Инициатива создания первого крымскотатарского музея принадлежит художнику, историку-краеведу, этнографу Усеину Боданинскому. Музей размещался в знаменитом памятнике архитектуры XVI-XVIII вв. – Ханском дворце, бывшей резиденции правителей Крымского ханства. История создания музея берет свое начало еще в дореволюционное время. 31 марта 1916 г. Петроградское общество защиты и сохранении в России памятников искусства и старины  открыло Бахчисарайский отдел (кружок), инициатором и председателем которого стал У.А. Боданинский. Членами кружка был создан и татарский художественно-исторический музей, однако официального статуса он еще не имел.После Февральской революции, 25 сентября 1917 г. решением Крымского Временного Мусульманского Исполнительного комитета Усеин Боданинский был назначен директором дворца, а 4-го (17) октября 1917 г. приказом Таврического Губернского комиссара Временного Российского правительства он был утвержден комиссаром (заведующим) Бахчисарайского ханского дворца. Первоначальную коллекцию музея составили остатки собственно ханского имущества, предметы внутреннего убранства комнат, приобретенные для прибывавших во дворец российских царственных особ и небольшая коллекция декоративно-прикладного искусства крымских татар, собранная А.Г. Котовым, Н.П. Кондаковым и А. Иваненко.За короткое время работы музея, его фонды пополнились с 200 единиц до одной тысячи предметов. Первоначально музей содержался на средства крымскотатарской Директории.В ноябре 1920 г. власть в Крыму была вновь взята большевиками. Несмотря на то, что Дворец-музей официально существовал с октября 1917 г., документальное оформление при большевистской власти крымскотатарский музей получил лишь 18 марта 1922 г.
С этого времени он получил название «Государственный Дворец и Музей Тюрко-татарской культуры». Были образованы филиалы: Музей Гаспринского (до 1928 г.), Коккозкий дворец (до 1924 г.) и развалины городов-крепостей Чуфут-Кале, Мангуп-Кале, Тепе-Кермен и Черкез-Кермен.
У. Боданинский развернул широкую деятельность по популяризации музея не только в Крыму, и в целом по стране, но и на международном уровне (в фондах ГБУ РК БИКАМЗ сохранились письма У. Боданинскому из Британского музея и посла Японии).
Стремительно растет пополнение фондов музея. Согласно Книгам поступлений, в 1922 г. в музее насчитывалось 1835 единиц хранения, а к концу 1934 г. – 2715 предметов, не учитывая старинных рукописных и печатных книг, а также предметов из археологических экспедиций. Формирование фондов музея с самого его основания имело не случайный характер. Целенаправленно закупались или передавались в дар предметы, относящиеся к истории и этнографии крымских татар, к культуре Ислама.
Книги поступили главным образом из библиотек Зынджирлы медресе, Буюк Хан Джами (Большой ханской мечети) и личной библиотеки Исмаила Гаспринского. Всего старинных книг насчитывалось более полутора тысяч единиц, из них 600 наиболее ценных рукописных. Основу коллекции составляли старинные предметы XVI-XIX вв. декоративно-прикладного искусства крымских татар (вышивки, ювелирные украшения, изделия из дерева, металла, кожи и др.), коллекция восточного, в том числе крымского оружия, монеты золотоордынского периода и Крымского ханства, предметы из личного имущества крымских ханов.
В помещениях дворца размещались экспозиции, отражающие историю и культуру крымских татар. Для этого были изготовлены манекены, по эскизам У. Боданинского. Действовала экспозиция, отражающая культуру крымских караимов.
Разработанный музеем в 1926 г. маршрут экскурсий включал в себя показ построек средневекового города, его древних промыслов, кустарного производства, знакомство с ремеслами и бытом Бахчисарая. В СССР это был первый этнографический музей «под открытым небом».
Успешно развивалась и научная деятельность музея. Сотрудники принимали участие в ряде этнографических экспедиций по Крыму. Были организованы и археологические экспедиции, с привлечением ведущих археологов и востоковедов страны. Это И.Н. Бороздин, Г.А. Бонч-Осмоловский, А.С. Башкиров, Б.Н. Засыпкин, Н.Л. Эрнст, А.Н. Самойлович и др. Исследованиям подверглись Кырк-Азизлер, Эски-Юрт, Старый Крым, Чуфут-Кале, Эски-Кермен. В ходе экспедиций был собран богатейший материал.
К сожалению, с начала 1930-х гг. все исследовательские работы по археологии и этнографии в музее были приостановлены, часть сотрудников музея была репрессирована. Первый директор и основатель музея У. Боданинский в 1934 г. был уволен, затем арестован и расстрелян 17 апреля 1938 г.
18 мая 1944 г. в результате депортации крымскотатарского народа, музей крымских татар перестал существовать, а его этнографическая коллекция была, частью разграблена, частью перемещена в другие музеи. Сегодня эти предметы находятся в музеях Украины, России, Германии и в частных коллекциях. Уцелевшие экспонаты составляют сейчас основу нынешних экспозиций Музея истории и культуры крымских татар, созданного в 1996 г. и являющегося филиалом Бахчисарайского историко-культурного и археологического музея-заповедника.
В 1944 г. директором Бахчисарайского музея была назначена Кустова Мария Георгиевна. Это были не простые годы для музея. Благодаря усилиям и убедительности М.Г. Кустовой Ханский дворец был спасен от разрушения и полного забвения. Не считаясь с трудностями, лишениями послевоенных лет, эта удивительная женщина возродила к жизни Бахчисарайский музей. Своим упорным трудом она добилась восстановления многих памятников, по ее инициативе была продолжена реставрация дворца. Огромная заслуга М.Г. Кустовой состоит в сохранении этнографических коллекций и пополнении фондов музея. Так, в 1951 и 1957 гг. М.Г. Кустова побывала в командировке в Артиллерийском и Этнографическом музеях Ленинграда и Эрмитаже, благодаря чему фонды музея пополнились старинным оружием, посудой известных фарфоровых заводов, восточными тканями, вышивками, салфетками XVII-XVIII столетий. В этот период продолжается работа по собиранию и приобретению экспонатов, характеризующих ремесленное производство крымских татар. Музей обладает уникальной коллекцией золотного шитья крымских мастеров XVIII вв.
Археологические коллекции поступали в фонды музея с момента его основания. Планомерная и целенаправленная работа по научному комплектованию археологических фондов началась с момента создания в Бахчисарае Музея «Пещерных городов» в октябре 1937 г. С этого времени музей состоял из музея «Пещерных городов» и Дворца-музея. Экспозиция музея «Пещерных городов», тематико-экспозиционный план которой был составлен известными археологами: Е.В. Веймарном, Д.А. Крайновым и Н.Н. Смирновым, размещалась в Большой Ханской мечете.
При музее была создана археологическая станция по приему и консервации археологического материала. В ведении музея находилось 14 филиалов. Начальником станции долгие годы работал Е.В. Веймарн, который внес неоценимый вклад в создание археологической коллекции музея. Создание музея «Пещерных городов» сыграло значительную роль в деле охраны «пещерных городов». В 1955 г. Дворец-музей и музей «Пещерных городов» были объединены в Бахчисарайский историко-археологический музей с двумя отделами: археологическим и историческим. В это время во Дворце начали работать сотрудники Киевских реставрационных мастерских.
В Фонтанном дворике Ханского дворца, на северной и южной стенах, они расчистили росписи XVI века в виде черно-красного «рустика», а Золотой фонтан отмыли от масляной краски и обновили отделку сусальным золотом, сделав его вид первоначальным. С этого времени работы по реставрации дворцовых построек велись постоянно. Так, в 1970-80-х гг. было отреставрировано помещение бывшей Ханской канцелярии, Посольский зал, зал Дивана, Свитский корпус, здание Гарема, бани Сары Гузель.
Киевскими реставраторами были произведены не только ремонтные работы этих построек, но расчищены и восстановлены старинные росписи под руководством П.Я. Редько. С 1960 по 1981 гг. директором музея был Иван Иванович Чурилов.
В 1957 г. в музей пришел И.И. Лобода, его трудовая деятельность продолжалась 55 лет. Он внес огромный вклад в развитие археологической науки Крыма, вместе с В.Н. Хоменко создавал экспозицию археологического отдела Бахчисарайского музея, которая была лучшей в Крыму, многие годы участвовал и руководил раскопками музея, из них 25 лет работал на Усть-Альме.
В 1970-80-х гг. экспозиция археологического отдела располагалась в Большой Ханской мечете, где освещалась история Крыма и Бахчисарайского района от эпохи палеолита до средневековья. Непосредственно в Ханском дворце была развернута экспозиция исторического отдела, рассказывающая об истории Крымского ханства и Ханском дворце – памятнике архитектуры XVI-XVIII столетий. Свитский корпус дворца использовался в качестве помещения для выставочных залов.
В этот же период в нартексе Большой Ханской мечети функционировала первая в Крыму голографическая выставка крымских археологических находок, созданная В.Н. Хоменко, заместителем директора по научной работе. Экскурсия по дворцу длилась 2,5 часа и охватывала экспозиции обоих отделов. Так же проводились экскурсии по Успенскому монастырю и «пещерным городам» – Чуфут-Кале, Мангупу и др. Директором музея с 1981-1987 гг. был Виктор Денисович Касьяненко. В это время в музее продолжались ремонтно-реставрационные работы, создавались новые экспозиции в Ханском дворце. Большой вклад в развитие экспозиционной концепции, создание экспозиций, экскурсионных рассказов и экскурсионной деятельности музея внесли: В.Б. Кочетов, Л.Н. Малиновская, Г.Д. Остапенко, З.А. Табурина, Г.А. Попова. В 1980-90-х гг. археологи Бахчисарайского музея продолжали участвовать в археологических экспедициях по Бахчисарайскому району и пополняли коллекции музея новыми экспонатами. Они так же вели научно-методическую работу, фондовую по обработке поступивших коллекций, публиковали научные статьи в археологических сборниках. В археологических фондах сосредоточен огромный материал, представляющий большую научную ценность. Ежегодно фонды пополняются новыми коллекциями. Более 30 лет фондовую работу музея возглавляла Г.И. Золотова.
Бахчисарайский историко-археологический музей был переименован в историко-архитектурный музей в январе 1978 г. На базе историко-архитектурного музея был создан Бахчисарайский государственный историко-культурный заповедник в 1990 г.
С 1987 по 2011 гг. заповедником руководил Евгений Владимирович Петров. В эти годы проводились объемные ремонтно-реставрационные работы в бане Сары Гузель, Зинджырлы медресе, в Соколиной башне. В это время был создан Художественный музей, музей И. Гаспринского, сектор «Военно-исторический мемориал» «Поле Альминского сражения», этнографический отдел в Ханском дворце. Большой вклад в создание экспозиции этнографического отдела внесли О.А. Желтухина и Н.М. Эбубекирова. Большая личная заслуга С.У. Эбубекирова, который около 20 лет возглавлял работу Ханского дворца, состоит в создании «Музея истории и культуры крымских татар». Инициатива и идея создания мемориала «Поле Альминского сражения» принадлежала С.Ф. Сундукову, энтузиазм и творческая деятельность которого воплотили эту идею в жизнь. Художественный музей Бахчисарайского музея-заповедника был открыт 8 июля 1996 г. в отреставрированных залах бывшего дома смотрителя Ханского дворца, перестроенного в 1820 г. по проекту архитектора Колодина. Экспозиция музея была создана под руководством И.Б. Арбитайло, проработавшей в Музее более 30 лет. В коллекции Художественного музея собраны произведения знаменитых отечественных и зарубежных мастеров живописи XVIII-XIX веков: Ф.С. Рокотова, Д.Г. Левицкого, С.С. Щукина, Гюне, В.Ф. Тимма и др. Музей располагает крупными монографическими коллекциями художников, жизнь и творчество которых тесно связаны с Бахчисараем: Б.В. Смирнова, П.А. Шиллинговского, К.Ф. Богаевского, А.П. Могилевского, А.П. Яновского, Я.А. Басова и других. Мемориальный музей Исмаила Гаспринского был открыт в 1921 г. При музее была и библиотека, где были собраны уникальные книги и журналы. Музей и библиотека просуществовали ровно 10 лет. В начале 1930 г. он был закрыт. Новая жизнь музея начинается 21 марта 2001 г. Много энергии для этого приложил заведующий музеем Я.А. Аппазов. Сегодня в экспозиции музея представлены сохранившиеся личные вещи И. Гаспринского, его награды и книги из его библиотеки. Коллекция музея постоянно пополняется, и тематика экспонируемого материала становится разносторонней и обширней.
С 1992 г. выходит серия сборников научных трудов, издаваемых Бахчисарайским заповедником, в которых ученые, в том числе и сотрудники заповедника, поднимают актуальные вопросы и публикуют свои труды.
В 1997 г., к 80-летию Бахчисарайского музея, А. Демираяк передал заповеднику коллекцию монет Крымского ханства, Золотой Орды и медалей Европы (195 ед.), которые он собирал в течение 40 лет. В 2007 г. Львовский музей истории религии положил начало реституции: Бахчисарайскому заповеднику было возвращено 13 старинных мусульманских и караимских книг. В 2009 г. Венский музей этнографии передал заповеднику 68 единиц декоративно-прикладного искусства, вывезенных во время Великой Отечественной войны.