Начало фондам Бахчисарайского заповедника положила коллекция музейных ценностей, собранная членами Татарского историко-археологического кружка, являвшегося с 1916 г. отделом Петроградского общества защиты и сохранения в России памятников искусства и старины. Со временем это собрание пополнили предметы убранства комнат Ханского дворца, причем как оставленные последним правителем в Бахчисарае, так и приобретенные для дворцовых интерьеров в кон. XVIII-XIXвв. Это были образцы тканей, случайные археологические находки, оружие, ковры, посуда и домашняя утварь. В сохранившейся Описи музея-дворца, датированной 1917 г., указано их количество — 195 предметов. Уже к концу 1923 г. фонды Бахчисарайского музея насчитывают ок. 2,5 тыс. предметов, среди которых упоминаются монеты, золотые и серебряные украшения, рукописные и старопечатные книги, мусульманская культовая утварь и пр. Совсем скоро подавляющее большинство музейного собрания составили предметы крымскотатарской этнографии. Это были первые поступления в Бахчисарайский музей, которые дала экспедиция, организованная в 1925 г. директором музея У. Боданинским при активном содействии правительства Крыма.  Тогда в связи с прозвучавшей идеей о создании центра изучения татарской культуры в Бахчисарайском музее, особое внимание было обращено именно на сбор предметов материальной и духовной культуры крымских татар.

Сегодня основные фонды заповедника состоят из двух отделов — более многочисленного археологического (ок. 120 тыс. предметов) и исторического.

Исторический отдел фондового собрания  Бахчисарайского заповедника — это ок. 20 тысяч музейных предметов быта, декоративно-прикладного искусства и народного творчества, изобразительных, письменных и мемориальных памятников.

Декоративно-прикладное искусство народов России представлено несколькими типами музейных предметов, хранящихся в музейных фондах БИКЗ. Самой многочисленной является этнографическая коллекция: мебель, домашняя и культовая утварь, предметы быта, ювелирные и другие художественные изделия крымскотатарских, иранских и турецких мастеров. Особое место здесь занимают предметы ханского имущества: плательные и декоративные ткани, ковры, мебель, художественное стекло, фарфор, фаянс XVII-XX вв. Эти предметы, в основном, относятся к коллекции Бахчисарайского музея тюрко-татарской истории и культуры, сформированной в 1920-30-е гг.

Декоративно-прикладное искусство царской России представляет коллекция образцов текстиля российского мануфактурного производства XVII-XIX вв., коллекция фарфора Императорского фарфорового завода России, в том числе Орденские сервизы, посуда «Товарищества производства фарфоровых и фаянсовых изделий М. С. Кузнецова» — одного из крупнейших в России фаянсовых производств.

Не слишком большим в количественном отношении, но, безусловно, уникальным является фонд крымско-караимской истории и культуры: это рукописные и старопечатные молитвенники, в том числе и первая печатная книга полуострова, изданная в Кырк-Ере в 1734 г., несколько свитков Торы, предметы религиозного культа и пр.

Наиболее многочисленной является коллекция нумизматики, фалеристики и бонистики, представленная монетами Крымского ханства и Османской империи XVI-XVIII вв., монетами, бонами и наградами России XVII-XX вв.,  дензнаками и наградами Европы, СССР, Украины.

В этой коллекции — боспорские статеры IVв., монеты византийских императоров Юстиниана II, Анастасия I,  золотоордынские монеты XIVв., а также римские монеты II-Vвв. времен правления Асария II, Феодосия I и др.

Среди первых поступлений в Бахчисарайский музей были предметы вооружения и амуниции, положившие начало формированию одной из самых зрелищных коллекций заповедника — восточного, западно-европейского и русского оружия XVII-XX вв. Первые экспонаты этой группы — русские кремневые и капсюльные пистолеты, в 1919 г. были переданы в дар семьей коллекционера Б. Лаврова. Турецкие сабли и ятаганы, ружья крымских ханов, вооружение и амуниция Русской армии и ее противников времен Русско-турецких и Крымской войн, турецкие знамена, татарские бунчуки, иранские доспехи являются сегодня гордостью бахчисарайского собрания.

Изобразительное искусство представлено произведениями живописи и графики, гравюрами и литографиями XVII-XX вв. Значительная часть последних была подарена музею в 1930-1960-е гг. советским ученым, доктором медицинских наук И. М. Саркизовым-Серазини. Он был уроженцем Ялты, и, наверное, поэтому питал к Крыму особую любовь, а его дар Бахчисараю был столь щедрым — иллюстрации к книге «Досуги крымского судьи. Второе путешествие в Тавриду» (Спб., печатано в Императорской типографии, 1803–1805). Это было одно из первых изданий, посвященных описанию географии, истории, природы и достопримечательностей Крыма, рисунки для которого с натуры выполнили художники А. де Палдо и Г. Тяннилов.

Также в фондах хранятся литографии с видами Крыма с рисунков К. Босолли, О. Раффе. Последние являются иллюстрациями к четырехтомному изданию, вышедшему в 1853 г. в Москве и посвященному экспедиции А. Демидова по Крыму и России.

Среди произведений живописи — монографические коллекции акварелей таких мастеров, как К. Богаевский, В. Яновский, живописные полотна Б. Смирнова, П. Шиллинговского, рисунки А. Могилевского, Е. Нагаевской, Н. Жаба, портретная живопись русских и украинских художников XVII-XIX вв. В собрании работы современных крымских художников: З. Трасиновой, Р. Нетовкина, В. Хоришко, С. Пустовойта, А.и И. Сафоновых, В. Иванова и др.

Следующая группа музейных памятников, представляющая сегодня большой интерес для исследователей, — это фонд рукописных и старопечатных книг. Коллекция рукописей Бахчисарайского заповедника начала формироваться в 1920-е гг. Источником первых поступлений стали книги из двух больших библиотек: Ханской и Зынджирлы-медресе — духовного училища, действовавшего в Бахчисарае с 1500 г. до 1920-х гг. Позднее рукописи поступали в музей из этнографических экспедиций, закупались среди населения. В бахчисарайской коллекции особое место занимают Кораны, тафсиры (толкования Корана), хадисы (сборники жизнеописаний Пророка). Большинство из них — книги из мечетей, закрытых в годы советской власти. Отдельные рукописи когда-то были переданы мечетям в вакф (имущество, переданное на религиозные или благотворительные цели) крымскими ханами, о чем свидетельствуют нишаны ханские печати на страницах.

Группа изобразительных памятников, имеющих документальное и  мемориальное значение, довольно многочисленная. Здесь следует отметить коллекцию фотонегативов и фотографий XIX-XXвв., среди которых фотоальбом И. В. Болдырева — художника, фотографа, изобретателя. С октября по декабрь 1879(80?) г. он занимался фотосъемкой Ханского дворца. Снимки представляют не просто фотофиксацию памятника архитектуры и его интерьеров, что само по себе было в ту пору нелегкой задачей. Добавьте к этому несовершенство негативного материала, что создавало немало трудностей в работе. Альбом был изготовлен фотографом в шести экземплярах, один из которых дворцу-музею в 1957 г. подарил упомянутый выше И. М. Саркизов-Серазини.

Представляют интерес почтовые открытки с видами и типами Крыма и Бахчисарая, фотографии как знаменитых фотографов — Ф. Орлова, так и менее известных, в частности, талантливого бахчисарайского фотографа нач. XX в. Г. И. Бойко.

Картографический материал представлен старинными картами-гравюрами Крымского ханства XVIIв. и Крыма в составе Российской империи.

Нельзя не упомянуть о фотографиях с видами бахчисарайских улиц и приходов, а также подробнейших чертежах и обмерах Ханского дворца, выполненных в 1914-1915 гг. ленинградским архитектором С. Некрасовым. Информацию о Бахчисарае 1920-30-х гг., его экономике, градостроительстве, социально-культурной жизни в целом, исследователи найдут в коллекции фотонегативов, изготовленных в те годы сотрудниками музея.