Второй этаж Главного корпуса Дворца занят комнатами, где размещались жилые покои ханов и части прислуги. Отдельный блок составляет комплекс залов для официальных приемов. Среди ханских комнат выделяются просторная "ханская столовая" и "ханская спальня" с альковом. Впрочем, сложно утверждать, что ханы Крыма трапезничали и почивали именно в этих помещениях: планировка второго этажа значительно изменилась с ханских времен.
Дело в том, что позже здесь поселялись русские цари во время своих визитов в Бахчисарай. Вероятно, им было бы приятно провести день-другой в экзотических восточных интерьерах, однако ретивые слуги постарались угодить императорам, переделав многое в этих комнатах на "европейский" манер. Это у них вышло весьма неудачно: утратив многое из первоначальной стилистики, ханские покои, естественно, не стали "петербургскими".
Но, несмотря на переделки и перепланировки, декор помещений несомненно имеет свои прототипы в том оформлении Дворца, которое существовало при ханах: это цветные витражи в окнах, потолки с геометрическим орнаментом, а также резные каменные камины. Комнаты до сих пор отличаются крымским стилистическим колоритом. Сегодня в этих помещениях расположена этнографическая экспозиция, раскрывающая различные аспекты материальной и духовной культуры крымских татар.
По сравнению с жилыми покоями, свой первоначальный облик в значительно большей степени сохранили те залы, где проводились ханские официальные аудиенции: Посольский зал, Кофейная комната, Золотой кабинет. В 18 столетии в этих стенах проходили встречи ханов с представителями иностранных правительств, деловые переговоры, здесь же крымские правители и их гости отдыхали после официальных мероприятий. Эти залы ныне реставрируются и через некоторое время станут доступны для посещения гостями Дворца.
Особо интересен интерьер Золотого кабинета (в настоящее время — на реставрации), чьи изящно украшенные окна выходят на Дворцовую площадь. Помимо богатых орнаментальных росписей стены Золотого кабинета украшены лепными изображениями фруктов, а в застекленных антресолях над входной дверью размещался целый "сад" — искусно изготовленные миниатюрные деревья, окруженные цветами и птицами (эта композиция исчезла во время нацистской оккупации). По карнизу, опоясывающему три стены этой комнаты, тянется надпись, в пышных поэтических фразах восхваляющая Кырыма Герая. По повелению этого правителя — просвещенного ценителя искусств — Дворец в 1760-х гг. преобразился, будучи украшен работами лучших крымских мастеров того времени.