В структуру Бахчисарайского историко-культурного заповедника входят два филиала: Музей истории и культуры крымских татар «Ханский дворец» (с историческим и этнографическим отделами) и Музей археологии (с отделами археологии Юго-Западного Крыма и отделом археологии г. Бахчисарая). Еще три музейных подразделения (Художественный музей, Мемориальный музей и Альминский историко-археологический комплекс) входят в состав заповедника на правах отделов. Помимо этого, в заповеднике существуют службы, обеспечивающие функционирование учреждения, сохранность фондовых коллекций и охрану памятников. Это отделы юридической и кадровой работы, маркетинга и рекламы, фондов и художественной реставрации, охраны памятников истории и культуры, культурно-массовой работы и издательской деятельности, экскурсионной работы, сторожевой охраны, а также хозяйственный и архитектурно-реставрационный отделы.